ഏറെ വിവാദമായ കൂടത്തായി കൊലപാതക പരമ്പരയിലെ മുഖ്യപ്രതി ജോളി ജോസഫിനു സയനൈഡ് കൈമാറിയതു രണ്ടാം പ്രതി എം.എസ്.മാത്യുവാണെന്നു ജോളി സഹോദരനോടു വെളിപ്പെടുത്തിയെന്നു സാക്ഷിമൊഴി. മൃതദേഹങ്ങൾ പുറത്തെടുക്കാൻ പൊലീസ് കല്ലറകൾ തുറക്കുന്നതിന്റെ തലേ ദിവസം അഭിഭാഷകനെ കാണാൻ ജോളിയോടൊപ്പം കാറിൽ പോയ ജോസഫ് ഹിലാരിയോസ് ആണ് ഇന്നലെ റോയ് തോമസ് വധക്കേസിന്റെ സാക്ഷിവിസ്താരത്തിനിടെ മൊഴി നൽകിയത്. 2011 ൽ റോയ് തോമസ് മരിച്ചപ്പോൾ പൊലീസിൽ പരാതി നൽകിയതു ജോസഫ് ആയിരുന്നു. അഭിഭാഷകനെ കാണാൻ പോകുമ്പോഴും മടങ്ങുമ്പോഴുമുള്ള ജോളിയുടെ പെരുമാറ്റം ദുരൂഹമായിരുന്നെന്നും ജോളിക്ക് ഈ മരണത്തിൽ പങ്കുണ്ടെന്ന് അപ്പോൾ സംശയം തോന്നിയെന്നും ജോസഫ് ഇന്നലെ കോഴിക്കോട് അഡിഷനൽ സെഷൻസ് കോടതിയിൽ മൊഴി നൽകി. 2011 ലാണ് ജോളിയുടെ ആദ്യഭർത്താവ് റോയ് തോമസ് മരിക്കുന്നത്. റോയിയുടെ ബന്ധുവായ ജോസഫ് ഹിലാരിയോസിന്റെ മൊഴിയനുസരിച്ചാണു പൊലീസ് എഫ്ഐആർ റജിസ്റ്റർ ചെയ്തത്.
സയനൈഡ് എവിടെ നിന്നു കിട്ടി എന്നു സഹോദരൻ ചോദിച്ചപ്പോൾ ഷാജിയാണ് തന്നതെന്നു പറഞ്ഞു. രണ്ടാം പ്രതി എംഎസ് മാത്യുവിനെ ഷാജിയെന്നാണു വിളിച്ചിരുന്നത്. എന്നാൽ മാത്യുവിനു ഷാജിയെന്ന പേരില്ലെന്നു പ്രതിയുടെ അഭിഭാഷകൻ എം.ഷഹീർ സിങ് വാദിച്ചു. റോയിയുടെ മരണം ആത്മഹത്യയാണെന്നും സംശയങ്ങൾ ഒന്നുമില്ലെന്നുമാണു 2011 ൽ ജോസഫ് നൽകിയ മൊഴി. പിന്നീട് കേസ് ജില്ലാ ക്രൈം ബ്രാഞ്ച് ഏറ്റെടുത്തപ്പോൾ മജിസ്ട്രേട്ടിനു മുൻപിൽ നൽകിയ രഹസ്യമൊഴിയിലും ഇന്നലെ കോടതിയിൽ പറഞ്ഞ കാര്യങ്ങൾ ഇല്ലെന്നു പ്രതിഭാഗം ചൂണ്ടിക്കാട്ടി.