സിസ്റ്റർ അഭയക്കേസിൽ വൻ വഴിത്തിരിവ്. നേരത്തെ പ്രതിയായിരുന്ന ഫാ. പിതൃക്കയിലിനെ പ്രതിപട്ടികയിൽ നിന്നും ഒഴിവാക്കി. ജോസ് പുതൃക്കയിലിനെതിരായി തെളിവുകൾ ഹാജരാക്കുന്നതിൽ സിബിഐ പരാജയപ്പെട്ടെന്ന് കോടതി ചൂണ്ടിക്കാട്ടി. അതേസമയം ഒന്നാം പ്രതി ഫാദർ തോമസ് എം. കോട്ടൂർ, സിസ്റ്റർ സെഫി എന്നിവരുടെ വിടുതൽ ഹർജി കോടതി തള്ളുകയും ചെയ്തു. ഇനി കേസിൽ രണ്ട് പ്രതികളുടെ വിചാരണയായിരിക്കും നടക്കുക.
സിസ്റ്റർ അഭയ കൊല്ലപ്പെടുന്നതിന് മുൻപ് പലപ്പോഴും ഫാദർ ജോസ് പുതൃക്കയിലും, ഫാദർ കോട്ടൂരും കോൺവെന്റിൽ എത്തിയിരുന്നെന്ന് സാക്ഷിമൊഴികളുണ്ടെന്ന് സിബിഐ സംഘം കോടതിയെ അറിയിച്ചിരുന്നു. എന്നാൽ, ഫാദർ കോട്ടൂരും സെഫിയും ചേർന്ന് പുതൃക്കയിലിനെ പയസ് ടെൻത് കോൺവെന്റിലേക്ക് വിളിച്ചു വരുത്തുകയായിരുന്നുവെന്നാണ് സിബിഐ പറയുന്നത്. സെഫിയും വികാരിമാരുമായുള്ള അവിഹിത ബന്ധം സിസ്റ്റർ അഭയ കാണാൻ ഇടയായതാണ് കൊലയ്ക്ക് കാരണമെന്നാണ് സിബിഐ കേസ്.
1992 മാർച്ച് 27നാണ് കോട്ടയം പയസ് ടെൻത് കോൺവന്റിലെ കിണറ്റിൽ ദുരൂഹ സാഹചര്യത്തിൽ സിസ്റ്റർ അഭയയെ മരിച്ച നിലയിൽ കണ്ടെത്തിയത്. സാഹചര്യത്തെളിവുകളുടെയും നാര്ക്കോ ടെസ്റ്റിന്റെയും അടിസ്ഥാനത്തില് 2008 നവംബറിലാണു വൈദികരായ തോമസ് കോട്ടൂര്, ജോസ് പുതൃക്കയില്, സിസ്റ്റര് സെഫി എന്നിവരെ സിബിഐ അറസ്റ്റ് ചെയ്തത്. ഒന്നരമാസം റിമാന്ഡില് കഴിഞ്ഞ ഇവര്ക്കു പിന്നീട് ഹൈക്കോടതി ജാമ്യം അനുവദിച്ചു.